فرضت ضرورات العمل السري لجماعة الإخوان المسلمين، أن يكون النشاط المالي والاقتصادي لها سريا أيضا، تجنبا للملاحقات الأمنية والمصادرات، وظل التنظيم طيلة 90 عاما يدير عملياته المالية بسرية غامضة ومن خلال شبكات معقدة وأكثر غموضا.
لجأ الإخوان وفق معلومات حصلت عليها "العربية.نت" لعمليات غسيل أموال وإنشاء فروع ومؤسسات مالية وشركات تهريب بضائع بأسماء نواب من الجماعة في البرلمان المصري، وأسسوا نحو 300 شركة صرافة كان الداعي لها واحدا من أكبر قيادات الجماعة، وهو الشيخ صلاح أبو إسماعيل، عضو مجلس النواب الأسبق ووالد المرشح الرئاسي الأسبق والموالي للجماعة حازم صلاح أبو إسماعيل، وقامت هذه الشركات بالمضاربة على سعر الجنيه المصري، ومن خلالها أدار الإخوان محفظة مالية هائلة كانوا من خلالها ومن خلال نوابهم في البرلمان يمارسون ضغطا هائلا على السلطات المصرية لتوجيه السياسات النقدية على نحو يخدم مصالح الجماعة وأنشطتها المالية في الداخل والخارج.
في واقعة كاشفة انتبهت أجهزة الأمن المصرية لنشاط الإخوان في تزييف العملة المصرية وعملات أجنبية أخرى بعد العثور على أجهزة لتزييف العملة لدى أحد المقبوض عليهم من عناصر الجماعة في العام 1992، ومن اعترافات بعض المقبوض عليهم في قضايا قتل وعنف وإرهاب تبين أن أحد قيادات الجماعة في الخارج وهو سوري الأصل ويدعى أنعام أرناؤوط، عضو بالتنظيم الدولي للإخوان ويقيم في أميركا، قام بعمليات غسيل أموال ونقل أموالا لصالح إرهابيين بتعليمات من التنظيم الدولي وضبطته السلطات الأميركية وأحالته للمحاكمة.
واعترف المقبوض عليهم من عناصر الجماعة في مصر بأن الإخوان المسلمين وبعض قادتهم في النقابات المهنية مثل المهندس عبدالوهاب شرف الدين، أمين النقابة الفرعية للمهندسين في محافظة السويس، قام في مطلع التسعينيات بتولي مهمة التنسيق والاتصال والتمويل بين الجماعة وحزب التحرير الإسلامي، كما تبين وجود علاقة بين الجماعة والإرهابي الهارب ياسر السري، الذي كان مسؤولا عن التخطيط لعمليات قتل وعنف وتفجيرات في مصر. وكشفت التحقيقات أن التمويل لتلك العمليات كان يتم عبر شركات توظيف أموال يملكها قيادات وأعضاء في الجماعة.
ووفق المعلومات أيضا فقد جرت وعلى يد قيادات الجماعة، وعلى رأسهم يوسف ندا وبتنفيذ من خيرت الشاطر ومحمود عزت، عمليات غسيل أموال وتوفير وسائل تمويل للتنظيم من خلال تأسيس المنظمات الخيرية والجمعيات الإغاثية لتلقي التبرعات، والتلاعب في إعلانات الصحف والمجلات المملوكة للجماعة مثل مجلة الدعوة وصحيفة "آفاق" عربية ومجلة المختار الإسلامي.
وعقب ثورة 25 يونيو وخلال عامين فقط، أسس الإخوان نحو 450 جمعية خيرية وإسلامية ومنظمة حقوقية في مصر، جرى تمويلها من خلال وسائل خلفية، وكانت بمثابة وعاء لتلقي التبرعات والتمويلات الخارجية القادمة للجماعة ومن خلالها جرى تمويل العمليات الإرهابية في سيناء.
وأسس الإخوان مئات الجمعيات الخيرية والمؤسسات الإغاثية لتلقي التبرعات والهبات الخارجية، وكلها كانت واجهة لعمليات غسيل أموال يجري من خلالها توفير تمويل ضخم للجماعة، وتمكنت السلطات المصرية من حصرها، حيث تبين أن الإخوان أسسوا في محافظة القاهرة وحدها نحو 28 جمعية، وفي المنيا 78 جمعية، وفي الغربية 67 جمعية، وفي الإسماعلية 10 جمعيات، وفي بورسعيد 5 جمعيات، بينما احتلت محافظة الشرقية مسقط رأس الرئيس الراحل محمد مرسي ومحمود عزت القائم بعمل المرشد النصيب الأكبر بنحو 130 جمعية.